Theo Nghị định 69/2017/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Bộ Giáo dục và Đào tạo có 26 đơn vị gồm:[5]

- 21 cơ quan chức năng là các đơn vị giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước

- 5 đơn vị sự nghiệp là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ.

Cơ quan chức năng

1. Vụ Giáo dục Mầm non.

2. Vụ Giáo dục Tiểu học.

3. Vụ Giáo dục Trung học.

4. Vụ Giáo dục Đại học.

5. Vụ Giáo dục dân tộc.

6. Vụ Giáo dục thường xuyên.

7. Vụ Giáo dục Quốc phòng và An ninh.

8. Vụ Giáo dục Chính trị và Công tác học sinh, sinh viên.

9. Vụ Giáo dục thể chất.

10. Vụ Tổ chức cán bộ.

11. Vụ Kế hoạch - Tài chính.

12. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.

13. Vụ Pháp chế.

14. Vụ Thi đua - Khen thưởng.

15. Văn phòng.

16. Thanh tra.

17. Cục Quản lý chất lượng.

18. Cục Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục.

19. Cục Công nghệ thông tin.

20. Cục Hợp tác quốc tế.

21. Cục Cơ sở vật chất.

Các đơn vị sự nghiệp

1. Viện Khoa học Giáo dục Việt Nam
2. Học viện Quản lý giáo dục
3. Trường Cán bộ quản lý giáo dục thành phố Hồ Chí Minh
4. Báo Giáo dục và Thời đại
5. Tạp chí Giáo dục